野明美假意要带已经获得代号的宫野志保离开组织，但乌丸莲耶怎么会允许这种事情发生，他下了命令，打算让这个“眼高手低”的愚蠢女孩知道组织的手段。
负责办事的当然是琴酒。
宫野明美完成了抢劫银行的计划，接着就被琴酒一枪毙命。当然这些都是安排好的，但谁也没想到，现场竟然有个穿蓝西装的小学生冲了进来。
宫野明美吃惊于男孩的成熟，她一边捂着胸口潺潺流出的鲜血（还好她提前准备了血包），一边跌跌撞撞地向后退，回答男孩对组织的提问。码头到处都是集装箱，再远一点就是海岸，她故作虚弱地咳嗽几声，把情报说完之后，人也走到岸边了。心知再说下去只会暴露更多，于是宫野明美没有犹豫地向后倒去。
很难说那时候男孩脸上流出的是怎样悔恨交加的表情，他顾不得自己也有落水的风险直接扑过来，但宫野明美的身影已经消失在水里。
看着这样的男孩，宫野明美感到愧疚。
可她没有多余的时间去关心他了。
宫野明美在远处的河道上了岸，跟接应她的伏特加一起离开现场。案件发生后，警视厅打捞了好一阵子都没找到她的尸体，组织也派人来调查，最终都以她的死亡结案。
按照白野月见的计划，宫野志保应该开始闹了。
掌控APTX-4869药物研究进程的科学家拿到的剧本，是在姐姐“死亡”后拒绝继续研究药物。琴酒会做那个恶人，把她关去禁闭室一阵子，等她服了软再放她回去。但雪莉也会因此跟组织结怨，出来后她不再积极研究药物，药物的研究速度也会大幅度减缓。
白野月见制定这个计划的目的，一是为了让宫野明美从组织里脱身，二，也是为了制止APTX-4869的成功研发。
至少在她干掉乌丸莲耶之前，这个药物绝不能被做出来。
一石二鸟的计划，本来进行得好好的。可就在这时，朗姆忽然插手，他比琴酒更早一步来到研究院，带走了闹脾气的雪莉。
雪莉被关起来了，但这次她是在朗姆的眼皮子底下，且与琴酒的准备不同，朗姆是打算把她彻底控制在自己身边。
这可不行。
要是被朗姆盯着，她想在药物研究上作假都会很困难。
既然如此，那还不如……
雪莉坐在漆黑的房间里，想到计划脱轨会带来的后果，她咬咬牙，下定了决心。
她摸出口袋里的一颗药丸，吞服下去。
宫野志保本来做好了死亡的打算。若是她这样重要的科学家死在朗姆的地盘，Boss定会震怒无比，自己也能为那个人和姐姐的计划帮上忙了。
然而，命运却给所有人都开了个玩笑。
APTX-4869没有杀死宫野志保，它的药效起效了，宫野志保变成一个七岁的小女孩。
她从剧痛中恢复，呆呆地看着自己柔软的小手。很快，曾经被使用了这个药物的人的名单在眼前闪过，再联想到曾经给小白鼠实验时那几只变小的特殊个体，宫野志保忽然感到毛骨悚然。
琴酒之前擅自拿了她的药，给一个叫工藤新一的高中生服下，而那个人也是为数不多没确认死亡的存在……
该不会！
茶发女孩赶忙找到禁闭室的垃圾口，爬了出去。她冒着雨找到工藤新一的宅子，被路过的阿笠博士捡了回去。
随后，江户川柯南的出现，证实了她的猜想。
工藤新一没有死，他还变成一个小学生，想方设法寻找着组织的下落。他还是姐姐假死那个晚上遇到的男孩。
这到底是什么诡异的运气？
彼时已经在好心的博士的建议下改名为灰原哀的女孩，通过秘密专线联系了白野月见。白野月见从她那里得到情报，正巧，如今组织里也是一片混乱。
虽然过程不同，但结局跟雪莉料想的一样，她的失踪在组织里引起轩然大波。Boss对朗姆的印象大打折扣，很长一段时间，那个急性子的老人出现在组织里的脸色都不是很好看。
正是适合浑水摸鱼的局势。
白野月见很快做出决定，让雪莉继续留在江户川柯南身边监视他，并且可以视情况，酌情给他送点情报。
毕竟，多一个队友，总比多一个敌人要来得划算。
江户川柯南并不知道自己成了斗兽场的一名角斗士，他还卯足了劲，想把组织挖个底朝天。他住进了青梅竹马的家里，利用那个不成器的废物叔叔打响了名侦探的名声，与此同时，他也遇到了许多跟他志同道合的伙伴。
有从组织逃出来的灰原，有曾经在那个组织里卧底的赤井先生，有如今打份工作、就在楼下广田姐姐开的波洛咖啡厅里工作的安室哥哥。
还有，警视厅里总会耐心听他讲话的……松田哥哥和白野姐姐。,